شناسایی ژنهایی با ناهمگونی بیان
شناسایی ژنهایی با ناهمگونی بیان بالا به عنوان پیشبینیکنندهی پیشآگهی و پاسخهای درمانی متفاوت در سرطان کولورکتال: یک چالش و یک استراتژی
چکیده
پیشینه: ناهمگونی مولکولی یکی از مهمترین نگرانیها در سرطان کولورکتال (CRC) است که منجر به طیف وسیعی از پاسخهای درمانی و پیشآگهی بیمار میشود. هدف ما شناسایی ژنهای با ناهمگونی بیان بالا (HHE) و ارتباط آنها با پیشآگهی و مقاومت دارویی بود.
روشها: دو مطالعهی کوهورت، اطلس ژنوم سرطان (TCGA) و GSE39582، برای کشف ژنهای انکوژن با HHE استفاده شدند. ارتباط بین ژنهای شناساییشده با ویژگیهای بالینی و ژنومی بر اساس دادههای TCGA ارزیابی شد. همچنین، از دادههای GDSC و CCLE برای مقاومت و حساسیت دارویی استفاده شد. شصت نمونه CRC برای اعتبارسنجی دادههای بهدستآمده با RT-qPCR استفاده شد.
نتایج: یافتهها نشان داد که ۱۳۲ ژن با HHE در هر دو گروه افزایش بیان داشتند و در مسیرهایی مانند هیپوکسی، رگزایی و متاستاز غنی شده بودند. چهل و نه ژن انتخابشده مربوط به متغیرهای بالینی و ژنومی، از جمله مرحله، جهشهای رایج، محل تومور و وضعیت ریزماهواره که نادیده گرفته شدند. سطح بیان CXCL1، SFTA2، SELE و SACS به عنوان ژنهای دارای HHE، بقای بیماران را پیشبینی کردند و نتایج RT-qPCR نشان داد که سطوح SELE و SACS در نمونههای CRC دارای HHE بودند. بیان بسیاری از ژنهای شناساییشده مانند BGN، MMP7، COL11A1، FAP، KLK10 و TNFRSE11B با مقاومت در برابر داروهای شیمیدرمانی مرتبط بود.
نتیجهگیری: بیان برخی از ژنها، از جمله SELE، SACS، BGN، KLK10، COL11A1 و TNFRSE11B، عملکرد سرطانزایی با HHE دارند و بیان آنها میتواند به عنوان شاخصهایی برای پاسخهای درمانی متفاوت و میزان بقا در سرطان کولورکتال (CRC) مورد استفاده قرار گیرد.
