شناسایی ژنهای مرتبط با پروتئینهای ریبوزومی
شناسایی ژنهای مرتبط با پروتئینهای ریبوزومی در سرطان کولورکتال
بررسی پتانسیل آنها به عنوان نشانگرهای زیستی، شاخصهای پیشآگهی و اهداف درمانی
چکیده
پیشینه سرطان کولورکتال (CRC) به عنوان سومین سرطان شایع تشخیص داده شده در زنان و مردان رتبهبندی میشود که بر نیاز به شناسایی نشانگرهای زیستی مؤثر تأکید میکند.
روشها و نتایج
ما سطح بیان پروتئینهای ریبوزومی (RPs) را در هر دو سطح mRNA و پروتئین ارزیابی کردیم.
پس از آن، با استفاده از پایگاه داده STRING، یک شبکه تعامل پروتئین-پروتئین ایجاد کردیم و ژنهای هاب را شناسایی کردیم.
شبکه هم بیان ژنهای با بیان متفاوت مرتبط با CRC و RPهای هاب هدف آنها با استفاده از الگوریتم تجزیه و تحلیل شبکه هم بیان ژن وزندار ساخته شد. هستیشناسی ژن و پایگاه داده امضاهای مولکولی
برای کسب بینش در مورد نقشهای بیولوژیکی ژنهای مرتبط با ماژول شناسایی شده انجام شد. برای تأیید نتایج، سطح بیان ژنهای کاندید در نمونههای CRC در مقایسه با نمونه سالم مجاور با روش RT-qPCR ارزیابی شد. یافتههای ما نشان داد که ژنهای مرتبط با RPها عمدتاً در فرآیندهای بیولوژیکی مرتبط با اهداف Myc، فسفوریلاسیون اکسیداتیو و تکثیر سلولی غنی شدهاند. همچنین، نتایج نشان داد که سطوح بالای GRWD1، MCM5، IMP4 و RABEPK که مربوط به RPها هستند، با نتایج پیشآگهی ضعیف برای بیماران CRC مرتبط هستند.
قابل ذکر است که IMP4 و RABEPK ارزش تشخیصی بالاتری نشان دادند. علاوه بر این، بیان IMP4 و RABEPK با استفاده از دایرهالمعارف رده سلولی سرطانی و ژنومیک حساسیت دارویی در پایگاههای داده سرطان، ارتباط معنیداری با مقاومت دارویی نشان داد. همچنین، نتایج نشان داد که سطح بیان IMP4 و RABEPK در نمونههای سرطانی در مقایسه با نمونههای سالم مجاور به طور قابل توجهی بالاتر بود.
نتیجهگیری
نتایج کلی این مطالعه نشان داده است که بسیاری از ژنهای مرتبط با RPها در سرطان افزایش مییابند و میتوانند با میزان مرگ بیماران مرتبط باشند. ما همچنین پتانسیلهای درمانی و پیشآگهی ژنهای RPها را در CRC برجسته کردیم. کلمات کلیدی RT-qPCR · بیان همزمان · WGCNA · پیش آگهی · درمان هدفمند
